Contudo, esta isenção no momento da liquidação condiciona a dedução do imposto suportado a montante dado que só pode ser deduzido o imposto que tenha incidido sobre serviços ou bens utilizados pelo sujeito passivo para a realização de atividades sujeitas a imposto e dele não isentas.
Quando esta condição não seja satisfatória ao sujeito passivo, o próprio CIVA permite optar pela renúncia à isenção do imposto em determinadas atividades.
O direito de opção em causa é exercido mediante a entrega, em qualquer serviço de finanças ou noutro local legalmente autorizado, da declaração de início ou de alterações, consoante os casos, produzindo efeitos a partir da data da sua apresentação.
Tendo exercido o direito de opção, o sujeito passivo é obrigado a permanecer no regime por que optou durante um período de, pelo menos, cinco anos.
Caso haja pretensão em voltar ao regime de isenção findo tal prazo, deverá ser apresentada, durante o mês de janeiro de um dos anos seguintes àquele em que se tiver completado o prazo do regime de opção, a declaração de alterações de atividade. Esta dedução irá produzir efeitos desde o início do ano da sua apresentação.
Consoante a atividade desenvolvida, o sujeito passivo deverá analisar o impacto do IVA na sua contabilidade por forma a ponderar se a opção de renúncia é benéfica face à isenção da atividade por si prestada.